Come noto dal 6 giugno 2014 è obbligatorio l’utilizzo di fattura elettronica per i pagamenti realizzati dalle Pubbliche Amministrazioni; l'obbligo è stato introdotto dalla Finanziaria 2008 e definito nelle modalità attuative dal D.M. 3 aprile 2013 n.55 e dalla circolare interpretativa del 31 marzo 2014. Da tale data i Ministeri e loro articolazioni, le agenzie fiscali e gli enti nazionali di previdenza e assistenza non accettano più fatture emesse o trasmesse in forma cartacea. Dal 31 marzo 2015 la fatturazione diventerà obbligatoriamente elettronica anche nei rapporti con tutte le altre amministrazioni centrali e le amministrazioni locali.

Tuttavia ad oggi non risulta emanato alcun indirizzo preciso per i rimborsi dovuti ai Gruppi FRATRES in base a convenzione, anche se è presumibile che venga emesso un decreto attuativo relativo alla fatturazione elettronica per gli enti non commerciali.

La posizione della Consociazione FRATRES è di non ritenere applicabile la normativa sulla fatturazione elettronica. in funzione del fatto che  le prestazioni relative alla raccolta di sangue non sono soggette ad IVA, tanto è vero che  non viengono emesse le fatture di cui all'art. 21 della Legge IVA, ma semplici note di addebito non soggette ad IVA.

Di conseguenza, non essendovi obbligo di emissione di fatture, a maggior ragione non vi obbligo di emettere fatture elettroniche. Questa è la posizione attuale: occorrerà però monitorare attentamente eventuali diverse e specifiche segnalazioni dell'Agenzia delle Entrate, che ad oggi non sono ancora uscite.